Bautizado como Juan Luis Guerra Seijas por sus padres, el ya fallecido basquetbolista Gilberto Guerra y Olga Seijas nació en Santo Domingo, República Dominicana, el 7 de junio de 1957. En sus años infantiles, Guerra solía animar las veladas escolares como cantante, con canciones sentimentales. Al concluir el bachillerato, cursa durante un año Filosofía y Literatura en la Universidad Autónoma de Santo Domingo, luego decide que la música es su vocación y se cambia al Conservatorio Nacional de Música donde terminó sus estudios. Guerra era un gran admirador en ese momento de intérpretes tan diferentes como Pablo Milanés y Los Beatles.
Al concluir sus estudios en el Conservatorio de Santo Domingo, Guerra obtiene un a beca para estudiar composición y arreglos en el Berklee College of Music en Boston, Estados Unidos. A este viaje se iba con muchas expectativas y una carta que, a petición de una amiga, debía entregar a la estudiante de diseño Nora Vega, quien se convirtió después en su esposa e inspiradora de sus temas.
Después de volver a su país, trabaja haciendo acompañamientos con su guitarra a artistas locales como Sonia Silvestre y haciendo música para pautas publicitarias (jingles) destinadas la TV dominicana. Durante esta labor, entra en contacto con la cantante Maridalia Hernández, Mariela Mercado y Roger Zayas-Bazán quienes le acompañaban regularmente en las grabaciones. Así forma su grupo Grupo 440 y graba su primer álbum, Soplando (1984). Este album según el propio Juan Luis "es una fusión de merengue tradicional con jazz unido a una vocalización al estilo (del grupo vocal estadounidense) Manhattan Transfer. "Era algo muy suave, no bailable". Aunque este disco LP tuvo muy escasas ventas por no apelar a las masas, Warner Music lo relanzó en 1991 bajo el título "El Original 4.40". Hoy en día es considerado un artículo de colección.
En 1985, tras una actuación, el empresario discográfico dominicano Bienvenido Rodríguez hace firmar a Juan Luis Guerra su primer contrato para su disquera Karen Records. Esta situación también representa un giro radical en su estilo musical, orientándose al merengue en su versión comercial. En esta nueva etapa graba los álbumes, Mudanza y Acarreo (1985) y Mientras mas lo Pienso...Tu (1987). Como consecuencia de su labor, Guerra y sus acompañantes comienzan a obtener aplausos y reconocimientos. En 1988, se estrena como compositor para otros artistas como su compatriota Tati Salas para quien compuso el tema De tu boca con el cual participó en el ya desparecido Festival de la OTI quedando entre los 3 primeros lugares. También destacan las composiciones realizadas para los artistas mexicanos Emmanuel (No he podido verte, grabada en 1990) y Luis Miguel (Hasta que me olvides de 1993 y Te necesito de 2003).
En 1989 durante la grabación de su álbum Ojalá Que Llueva Café, los constantes cambios en los vocalistas de la agrupación lo llevan a convertirse en la principal figura de su grupo que ahora se conocería como Juan Luis Guerra y 440. Este álbum representa el inicio de la consagración internacional de Guerra, pues obtuvo ventas tales que se colocó en el primer puesto en muchos países de América Latina, siendo los temás más promocionados la canción que da título al disco, Visa para un sueño y la canción venezolana Woman del Callao dada a conocer previamente por el grupo Un Solo Pueblo.
En 1990, en medio de muchas expectativas, Guerra presentó su siguiente álbum, Bachata Rosa (su primer álbum editado en CD) y el más exitoso de su carrera desde el punto de vista comercial vendiendo hasta ese entonces unas 5 millones de copias y valiéndole alcanzar en ese momento la cumbre de su popularidad. Su éxito le hizo llenar estadios y coliseos a capacidad en diferentes escenarios de latinoamérica y europa. Gracias a este disco, Juan Luis Guerra obtiene su primer premio Grammy, lo cual le vale ser uno de los presentadores de la emisión de ese año, junto a la cantante canadiense Celine Dion. En este álbum, Guerra da a conocer el ritmo popular de la Bachata hasta entonces, limitado al territorio dominicano. La mayoría de las canciones de ese disco son hoy clásicos de la música latina. "Burbujas de Amor", "Estrellitas y Duendes" y "La bilirrubina" entre otros, le dieron la vuelta al mundo.
En 1991 en convenio con la disquera transnacional Polygram Records (hoy llamada Universal Music) incursiona brevemente en el mercado brasileño con el álbum Romance Rosa que contiene 4 temas de su CD anterior versionados al idioma portugués por el letrista brasileño Aloysio Reis y temas en español de su discos anteriores con Karen Records. Al mismo tiempo, vuelve a componer para otro artista: el mexicano Emmanuel para quien escribe el tema No he podido verte y orquesta la canción tradicional domincana Jarro Pichao. Ambas aparecieron en su álbum Vida (1991).
Guerra llego a ser una figura controvertida en la República Dominicana después de sacar el siguiente álbum, Areito (1992). A propósito del V Centenario del descubrimiento de américa. Con el tema "El costo de la vida" se manifiesta sobre las pobres condiciones de vida de muchos en América Latina, y algunos de sus compatriotas sintieron que él no era la persona mas apropiada para opinar, alegando que Guerra nunca padeció la pobreza. En dicho álbum, Guerra, además de temas en cierto modo, contestarios, como Si de aquí saliera petróleo (con la participación del panameño Rubén Blades) experimenta con músicos de la Orquesta Filarmónica de Nueva York para producir el sentimental tema "Cuando te beso" en dos versiones. Algunos opinan que a partir de allí, comenzó la nostalgización de la música de Guerra ya que los temas alegres que antes le caracterizaban, no estaban presentes en su nuevos discos con la frecuencia de antes. Pero esto no impidió que Guerra continuara su agitada rutina de conciertos. Apoyado en las ventas de unas 2 millones de copias, la gira "Areito" en 1993 mantuvo su popularidad en Latinoamérica y lo consolidó en Europa realizando un inmensa gira por toda España y presentánose en plazas como Portugal y Holanda donde llenó a capacidad el popular Ahoy. En ese momento, se notaba que la música lo era todo para Guerra quizás por encima de su propia familia. Sus conciertos eran prácticamente un viaje a otra dimensión dada la armonía y sonidos exquisitos mezclados con ciertos cambios en los arreglos y las interpretaciones de sus canciones que hacían delirar a sus admiradores. Guerra mencionó más tarde que para ese entonces solía tomar pastillas para dormir y tenía un vacio de paz que no lo llenaban todos los lauros que había recibido. Las continuas giras, menciona él, a veces no le daban tiempo para saber en que pais estaba.
Antes de la salida de Areito, el músico dominicano Manuel Tejada se propuso hacerle un homenaje a Juan Luis Guerra recopilando 15 de sus conocidos éxitos en ese tiempo, y grabándolos con integrantes de la Orquesta Filármónica de Santo Domingo y coristas y músicos que habían trabajado previamente con Guerra. Este álbum, salíó a la venta en Mayo de 1992 bajo el título de La Música de Juan Luis Guerra.
Su siguiente álbum Fogaraté (1994), tuvo como punta de lanza el tema "La cosquillita" rescatando el merengue rápido folklórico conocido como Perico Ripiao al lado del acordeonista Francisco Ulloa y su conjunto. Además fusionó el merengue con el Soukus de Suráfrica ("Fogaraté, "El beso de la ciguatera"), compartiendo en el album con el mejor guitarrista del El Congo, Diblo Dibala. Este disco, por demás ecléctico, presentó el primer de tema de Guerra cantado completamente en inglés, la hermosa "July 19th". Este disco tuvo una respuesta comercial limitada, buena para la mayoría de los artistas pero no estuvo regida por el alto standard establecido por Guerra en sus 3 previos álbumes. Varios factores incidieron en esto, la tendencia innovadora de Guerra, nunca atado a recetas comerciales, la baja promocional de su disquera y el creciente deseo de Juan Luis de tomarse un largo descanso. Durante la corrida del album, Guerra sólo hizo 2 conciertos (Rep. Dominicana y Puerto Rico en 1995). Antes se le vió promocionando en México y participando como invitado en el Festival de San Remo, Italia.
Después de una tensa relación empresarial con Bienvenido Rodríguez, que estuvo cerca de los tribunales, Guerra se retira temporalmente de los escenarios trás su concierto de San Juan Puerto Rico en junio de 1995 y emprende una nueva faceta: funda una emisora de radio llamada Viva FM y un canal de televisión, Mango TV, mediante los cuales se proponía difundir los mejores talentos musicales de su país. Coincidiendo con la adhesión de Guerra a la religión protestante, el canal televisivo fue rentado en 2003 a una red protestante estadounidense dándosele un giro religioso a su programación.
En el 1995, sale a la venta la compilación "Grandes Exitos de Juan Luis Guerra y 4.40" obteniendo gran respuesta en ventas.
Después de 4 años de silencio discográfico y saliendo de lo que muchos pensaban era un retiro definitivo, Guerra presenta el disco Ni es lo Mismo ni es Igual (1998) con el cual obtuvo en el año 2000 tres premios en la primera emisión de Latin Grammy Awards (Premios Grammy Latinos). Con éste album Juan Luis colocó consecutivamente los temas "Mi PC" y "Palomita Blanca" en el lugar #1 del conocido "Hot Latin Tracks" de la revista Billboard. No obstante fue "El Niágara en bicicleta" el tema más popular de ése album.
En los próximos años Guerra se limita a hacer lo que llama mini-giras, esporádicos conciertos en diversos paises reintegrándose gradualmente a los escenarios pero siendo claro en que nunca volverá a someterse al intenso calendario que quizás precipitó su salida del mundo artístico en el pico de su popularidad.
En el 2001, sale a la venta la compilación "Colección Romántica", lo mejor de las baladas y bachatas de Juan Luis incluyendo 4 versiones de sus propios temas, destacándose "Quisiera" originalmente salsa y ahora soft-rock y la balada "Tú" (originalmente en merengue) que estuvo sonando en la radio.
En Agosto de 2004, luego de 6 años de no producir un álbum de estudio, sale a la luz el disco "Para Tí". Este album, dedicado completamente a Dios, es la forma de Juan Luis agradecer todo lo que ha recibido de El trás su conversión al evangelio (aprox. 1996). Este disco cuyas ventas rondan el millón de copias, recibió varios premios billboard y el Grammy Latino en las categorías "Mejor Album Cristiano" y "Mejor Canción Tropical" por el éxito "Las avispas".
Tras la sálida del disco Guerra organizó su gira de conciertos más extensa desde el Tour Areito en 1993, a esta le llamó "Tour 20 Años" y celebró durante el 2004, 2005 y principios del 2006, los 20 años de creación del grupo visitando: Aruba, Curazao, Puerto Rico, Venezuela, Colombia, Panamá, Ecuador, Estados Unidos, España, Holanda, Dinamarca, Italia, Santo Domingo y Chile en lo que fueron 28 exitosos conciertos.
En febrero del 2006 fué invitado especial y cantó en la apertura del concierto de la legendaria agrupación The Rolling Stones en San Juan, Puerto Rico. También en febrero, Guerra cantó por 2da vez en su carrera en el Festival de Viña del Mar en Chile donde recibió La Antorcha de Oro, premio de la audiencia por su memorable actuación. En marzo dió los últimos 3 conciertos de ésta gira visitando Bogotá y Cali en Colombia y el Hard Rock Live de Hollywood, Fl. en Estados Unidos. En Abril recibió un homenaje por la sociedad de cantautores BMI donde fué declarado Icono de la Música. Ese mismo mes participó en vivo junto al cantante británico Sting en el tema "fragile" para cerrar el concierto de éste último en Altos de Chavón, Rep. Dominicana. En Mayo, junto a Alejandro Sanz, Carlos Vives y otros artistas se unió a la causa de Juanes en el concierto Colombia sin Minas, efectuado con éxito en la ciudad de Los Angeles.
En la segunda mitad del 2006, Guerra ocupó los primeros lugares de popularidad en la radio con sendos temas a dúo con Diego Torres (Abriendo Caminos) y Maná (Bendita tu luz). Su colaboración con Maná se convirtió en un super éxito ocupando la posición #1 del Hot Latin Tracks de Billboard. Juan Luis participó además en el video del tema y cantó en vivo con el grupo en los premios Grammy Latinos celebrados en Nueva York y en los Premios Principales celebrados en España.
Actualmente, Guerra promociona el primer sencillo de su nueva producción. La canción, titulada "La llave de mi corazón", es un mambo con fusiones tropicales. Del tema se realizó un video con la partipación de la novel estrella de Hollywood, la dominicana Zoé Saldaña. El tema, cuenta con una versión en inglés para el mercado angloparlante titulada "Medicine for my soul". El nuevo disco de Juan Luis, "La llave de mi corazón", saldrá al mercado el próximo 20 de marzo de 2007 y según el propio Guerra es el disco más romántico que ha hecho y contará, aparte de mambo, con merengues, bachatas, salsas, cancion a guitarra y voz, y merengue folk.